健康與疾病發展起源主要以出生世代進行長期追蹤研究，進行跨領域科學合作，以瞭解健康與疾病的發展起源，現階段將以主要兒童健康與疾病議題進行探討，包括早產及其預後、兒童成長與肥胖、過敏性疾病、神經行為與語言發展、子宮內與早期嬰幼兒環境暴露、基因與環境交互作用；未來將擴展致成人疾病早期指標的探討，包括心血管疾病、糖尿病、慢性呼吸道疾病等；最終將研擬合適的疾病預防的早期介入方法及策略，以有效降低兒童及成人慢性疾病。